به­منظور بررسی قرابت ژنتیکی دو جمعیت از ماهی سنگسر معمولی در خلیج فارس (مناطق آبادان و بندرعباس) از نشانگرهای مولکولی AFLP استفاده گردید. تعداد 14 نمونه از آبادان (E"25/56 '51 °48 و N "97/22 '98 ^○29) و 11 نمونه از بندرعباس ( E"73/19 '27 °56 و N "56/13 '18 °27) جمع­آوری شد. در مجموع 410 باند قابل امتیازدهی با استفاده از شش ترکیب آغازگر EcoRI/MseI مشاهده شد که 88 عدد از آنها چند شکل بودند (46/21 درصد). درصد باندهای چند شکل در ایستگاه آبادان 64/88 و در ایستگاه بندرعباس 18/68 درصد بود. مقدار هتروزیگوسیتی در ایستگاه آبادان (330/0) بیشتر از ایستگاه بندرعباس (222/0) محاسبه شد که علت آن را می توان به شرایط محیطی و اکولوژیک نسبت داد. ماتریکس فاصله ژنتیکی براساس ضریب Nei، فاصله ژنتیکی بین دو ایستگاه مورد مطالعه را 112/0 نشان داد. درخت فیلوژنی یک الگوی واضح از جدایی دو جمعیت را نشان داد که بیان­کننده پراکنش محدود تخم و لارو سنگسر معمولی در مناطق آبادان و بندرعباس می­باشد. همچنین الگوی پراکنشی این گونه با فاصله جغرافیایی کاملاً هماهنگی داشت که بیانگر این بود مخزن ژنی این گونه بین مناطق آبادان و بندرعباس یکنواخت نیست. درجمع­بندی نهایی، با توجه به فاصله ژنتیکی و نمودار حاصل از آنالیز PCA بین دو ایستگاه، جمعیت­ها از یکدیگر جدا بوده و می­توان اظهار داشت که نمونه های ایستگاه آبادان و ایستگاه بندرعباس دو جمعیت جدا از هم هستند.