هدف از پژوهش حاضر، آبکافت اندرونه ماهی قزل‌آلای رنگین‌کمان با استفاده از سه آنزیم فلاورزایم، پاپایین، پپسین و بررسی و مقایسه خواص کارکردی و آنتی‌اکسیدانی سه نوع پروتئین حاصل است. در زمان‌های یکسان، بیشترین درجه آبکافت و بازیافت نیتروژنی، برای پروتئین آبکافتی با فلاورزایم (به‌ترتیب 05/1 ± 12/23 درصد و 68/0 ± 64/55 درصد) ثبت شد. در تمام pH‌ های بررسی شده (به غیر از دو 8=pH و10=pH) پروتئین آبکافتی با فلاورزایم به‌طور معناداری (05/0>p) نسبت به دو پروتئین دیگر حلالیت بیشتری داشت. همچنین شاخص فعالیت امولسیفایری (به غیر از 4=pH) و پایداری امولسیونی (به غیر از 8=pH) نیز در پروتئین آبکافتی با فلاورزایم در pH های بررسی شده به‌طور معناداری (05/0>p) بالاتر از دو پروتئین دیگر بود. برای مقایسه خواص آنتی‌اکسیدانی پروتئین‌های آبکافتی از شاخص‌های قدرت مهار رادیکال آزاد 2و2 دیفینیل -1- پیکریل هیدرازیل (DPPH) و کاهندگی یون آهن سه ظرفیتی (فریک) استفاده شد و نتیجه اینکه، پروتئین آبکافتی با پپسین بیشترین قدرت مهار رادیکال DPPH و کاهندگی یون فریک را نشان داد (به‌ترتیب 27/2 ± 59/83 درصد و جذب 013/0 ± 886/0 در طول موج 700 نانومتر). پژوهش حاضر نشان داد، پروتئین‌های تولیدشده از این سوبسترا، خواص مطلوبی دارند و عوامل مختلفی از جمله نوع آنزیم مصرفی تا حد زیادی این خواص را تحت تأثیر قرار می‌دهند.