این مطالعه با هدف بررسی تنوع فصلی ماکروبنتوزها در بستر دهانه رودخانه شلمانرود و همچنین شناسایی گونه‌های بوم‌شناختی مهم در این منطقه انجام شد. پس از مطالعات میدانی اولیه، چهار ایستگاه از ناحیه مصب تا بالادست رودخانه(600 متر) انتخاب و نمونه‌برداری به‌ صورت ماهانه در طول یکسال، با استفاده از نمونه‌بردار اکمن گرب با سطح برداشت 3/0 مترمربع و در سه تکرار انجام شد. نمونه‌های جمع‌آوری‌شده با فرمالین 4 درصد تثبیت و به آزمایشگاه دانشکده علوم پایه دانشگاه گیلان جهت شناسایی منتقل شدند. در طول یک سال نمونه‌برداری، در مجموع 745 نمونه از ماکروبنتوزها جداسازی و شناسایی شد. یشترین تنوع تاکسونومیکی در رده دوکفه‌ای‌ها و دو خانواده Mytilidae و Cardiidae مشاهده شد. در میان ماکروبنتوزهای شناسایی‌شده، در مصب رودخانه گونه مهاجم Amphibalanus improvisus ثبت شد. شناسایی این گونه در محیطی لب‌شور و رودخانه‌ای، نشان‌دهنده‌ی توان بالای سازگاری و گسترش زیستگاهی آن است که می‌تواند زنگ خطری بر ساختار زیستی جوامع کف‌زی باشد. برخی پارامترهای فیزیکوشیمیایی از جمله دمای آب، دمای محیط، pH، عمق و شفافیت نیز اندازه‌گیری شدند. تحلیل تطابق کانونی (CCA) نشان داد که دمای آب و شفافیت مهم‌ترین عوامل مؤثر بر پراکنش مکانی خانواده‌های غالب، به‌ویژه Mytilidae و Cardiidae، در ایستگاه‌های مختلف هستند. تنوع زیستی با استفاده از شاخص‌های شانون، سیمپسون و تشابه پیلو و به کمک نرم‌افزار PAST مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج این تحقیق نشان می‌دهد که استفاده از شاخص‌های تنوع زیستی ماکروبنتوزها ابزار مناسبی برای پایش اکولوژیک، ارزیابی سلامت زیستی رودخانه‌های منتهی به مصب، و شناسایی تهدیدات زیستی نظیر حضور گونه‌های مهاجم است.